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1556年8月，查理五世退位，將神聖羅馬帝國皇帝的職位讓給了他的兄弟費迪南德。
根據1521年的協議和1531年的選舉，費迪南德成為了神聖羅馬帝國皇帝（Holy Roman Emperor）和奧地利（Austria）的大公（Archduke of Austria）。
由於漫長的辯論和繁瑣的官僚程式，帝國議會（Imperial Diet）直到1558年5月3日才接受了這次帝國繼位。
教皇（Pope）拒絕承認費迪南德為皇帝，直到1559年法蘭西與哈布斯堡達成和平。
費迪南德在位期間，特倫特會議（Council of Trent）結束。
為了確保他的兒子馬克西米利安二世（Maximilian II）的繼位，費迪南德在1562年組織了一次帝國選舉。
特倫特會議的一些問題在費迪南德皇帝與教皇特使莫羅內（Morone）之間達成的妥協後得以解決。
在帝國費迪南德的重要發明之一是霍夫戰爭委員會（Hofkriegsrat，Aulic War Council），該委員會於1556年正式成立，負責協調所有哈布斯堡領土內外的軍事事務。
它與帝國法院（Reichshofkanzlei）以及霍夫財政局（Hofkammer）一起，構成了維也納（Vienna）哈布斯堡政府的核心機構。
帝國法院復活，專門處理與帝國特權相關的事務。
1556年，頒佈了一項法令，確保帝國事務和王朝事務由同一機構中的兩個官員小組分別管理。
在他統治期間，這些機構中的貴族權力受到了限制。
對於每個領地組，設立了專門的管理和財政辦公室。
與馬克西米利安一世和查理五世不同，費迪南德一世並不是一個遊牧式的統治者。
1533年，他將居所搬到了維也納，並在那裡度過了大部分時間。
經歷了1529年的土耳其圍城戰後，費迪南德致力於將維也納打造成一座堅不可摧的堡壘。
在1558年繼位後，維也納成為了帝國的首都。
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自1542年以來，查理五世和費迪南德能夠徵收“公用便士”（Common Penny）稅或“土耳其援助”（Türkenhilfe），旨在保護帝國免受奧斯曼帝國或法國的威
