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陈志让、吴相湘、郭廷以、胡绳、黎澍、陶菊隐、丁中江、胡绳武、方祖燊、李新、陈旭麓、何泽福、李宗一、李守孔、李云汉、徐中约、李侃、金冲及、张宪文、张玉法、朱汉国、来新夏、唐宝林、郑师渠、张海鹏、朱宗震、侯宜杰等人所著或主编之书，[8]以及沈云龙、王涵、何泽福、饶怀民、刘大年、朱怀远、袁伟时等人所撰文章，[9]均将袁、赵视为幕后主使。日本学者萱野长知、片仓芳和、松本英纪、菊池秀明、渡辺竜策、樋泉克夫，以及美国学者欧内斯特·P﹒扬、史扶邻等人论著，还有刘吉祥（国籍不详）的英文著作，也都持同样看法。[10]
唐德刚实质上也认为袁、赵是幕后主使，只不过他又对二人在杀宋心态及背后考量上的差别进行了区别分析，他说：
1913年初春，在宋氏旅行讲演锋头正健之时，袁即连电召宋来京磋商要政。袁的本意或许就是试“重用之”，不成，再“除之”。可是内阁总理赵秉钧对这个最大的政敌，就是欲先除之而后快。他或许得了袁的必不得已时就“除之”的默许，迫不及待地便悍然提早“除之”了。杀宋之后，风波闹大了，袁可能认为赵之悍然杀宋，为的只是保持相位的一己私利，而搅乱袁对整个大局的布置。赵之杀宋，不是体谅领袖苦心，而是投机取巧，为保持自己总理的位置，不顾主子的困难，而悍然为之，这就不能饶恕了。因此后来赵也就不得好死了。[11]
另外一些研究者则或多或少受到赵秉钧自我辩解的影响，而又加以个人的判断，倾向于怀疑或否认袁、赵为幕后主使。如廖大伟认为：“从袁世凯的一贯信仰和当时的身份、地位，从宋教仁对袁世凯构成的威胁程度，从在上海行刺的困难程度，特别是对‘主谋说’原证据的逐条解读考析，我们认为对袁世凯的传统指认是缺乏真实依据的，是不符合事实的，袁世凯不是‘刺宋’主谋，没有主观故意的痕迹。”[12]他认为刺宋乃应夔丞所为，并上升到共进会刺杀宋教仁的高度来解释；而洪述祖则充当了鼓动、纵容应桂馨的角色。[13]但奇怪的是，他对于宋案关键人物之一赵秉钧完全缺而不论，实际上留下很大漏洞。张永则认为：“根据具体证据，刺宋是会党头目应夔丞主动提出并策划的，受到洪述祖的推动，袁世凯、赵秉钧是否知情只能存疑。”[14]侯宜杰最初认为，“暗杀宋教仁的主谋者不是别人，正是堂堂的临时大总统袁世凯和国务总理赵秉钧”，但近来一改前说，认为“研究宋教仁被刺案，要坚持疑罪从无、无罪推定的原则。缺乏确凿证据，
