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趙秉鈞再次被誤解，是因為1913年1月14日他在應夔丞離京前，曾送其“應密電本”一冊，並寫過如下一封短函：
密碼送請檢收，以後有電直寄國務院趙可也。桂馨兄鑑。鈞手啟。一月十四日。[108]
對於此事，趙秉鈞在刺宋案發生後共進行過三次解釋。第一次是4月12日，趙秉鈞在接受北京《民立報》記者採訪時曾談到過，當時宋案證據尚未公開宣佈，趙秉鈞對記者言：
（應夔丞）初八來見餘，餘以事冗，未之見。見大總統一次。十二日復來，餘不獲已，延之入。綜計前後，餘識應只此一面。及其出京，請給一秘電本，餘許之。及今思之，此事殊為失計，然當日固一極尋常事也。十四日，餘著人送秘電本至金臺旅館，並媵以一箋，系餘手筆，此外更不曾與應通一字。暨後，應來報甚稀。洪一日來，謂得應秘電，請假秘電本一用，此後竟未繳還。[109]
第二次是在4月25日宋案證據正式宣佈後，趙秉鈞於4月28日發出自辯“勘電”，其中專門就此函來龍去脈進行了解釋：
查上年十二月中，應夔丞北上，循例謁見大總統及本總理，力言共進會黨均系青紅兩幫，撫無可撫，誅不勝誅，惟宜設法解散，以殺其勢。曾經開具條款，領洋五萬元，以為解散該會費用。政府允許款由內務部發給，檔案可查。至本年一月，應將南歸，瀕行求見，面請發給國務院密碼電本。本總理當以奉差各省特派人員，向用密電報告，以防漏洩，應夔丞請發密碼，理無固拒，因即許可。又恐其借事招搖，別生枝節，因函囑其“以後有電直寄國務院”，藉示在官言官、語不及私之義，而別嫌明微之隱衷，亦可於茲揭示。斯則本年一月十四日之函所由來也。[110]
第三次則是在“勘電”發出後，趙秉鈞緊接著又於4月29日接受《新紀元報》記者訪談，其中有如下問答：
問：君與應夔丞關係如何？
答：餘不識應，應之為稽查長，均外間保薦，到京請見，見後請發密電本，均職務上循例應有之事。餘忝為總理，於外差人員官階稍高者，均發密電，以便通訊，總其數目，奚啻百數。[111]
以上三次都是趙秉鈞親自解釋。除此外，《大共和日報》曾刊登過一篇文字，更為詳細地解釋了1月14日趙致應函的來歷，從內容看應出趙秉鈞之授意，其言曰：
應夔丞系青紅幫頭目，徒黨眾多，馳騁長江一帶，歷有年所。上年武昌之事，黎副總統擬將其懲辦，程都督
