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宋案系由宋教仁被刺而引发，因此，对宋案谜团的破解，从一开始就被吸引到了“谁是主谋”这样一个问题上。雇用武士英枪杀宋教仁的应夔丞（即应桂馨）刚一被捕，便有人怀疑其背后有主使之人，谓：“应桂馨与宋先生既无私仇，又非公敌，宋先生有何不利于应？应有何利于宋先生死？即质之应桂馨而亦不能强言为有也。则应桂馨之外，必更有一人焉，为应桂馨之主动可知。”[2]又谓：
应夔丞与宋渔父生平无握手交，无半面缘，何仇？何怨？应也，宋也，诚风马牛不相及也。胡为乎应乃掷重金、买死士，必得宋而甘心焉？由斯言之，买武士英者，应夔丞也，而买应夔丞者，伊何人乎？[3]
随着应宅所获大量函电文件内容逐渐披露，内务部秘书洪述祖与应夔丞的诡秘关系曝光于天下。但舆论并不认为洪述祖就是最后的主使人，而是进一步提出洪述祖背后可能还有主使之人，理由是：
彼洪述祖，一卑鄙龌龊之小人，与大政治家宋先生固亦风马牛不相及，宋先生之死生，与彼实了无丝毫之关系，洪又胡为乎必死宋先生而后快也？然则，嗾武者为应，嗾应者为洪，而嗾洪者必更有人在也。[4]
由于洪述祖为赵秉钧之秘书，搜获文件中又有赵、应之间往来函电及赵送应之密码电本一册，因此，舆论很快将矛头指向赵秉钧。而赵又被认为是袁世凯的心腹，于是，袁世凯亦被牵入案中。在国民党方面看来，案情是很清楚的，因此，其机关报《民立报》在1913年4月27日刊登44件证据时，于所加按语中明确指出：
宋先生之死，袁、赵死之，非洪、应与武死之也。
洪、应二犯仅一器械，武士英更器械之器械，而真正之〈人〉主动（人），乃袁世凯、赵秉钧也。[5]
这可以说是国民党方面对于宋案的正式研究结论。然而，赵秉钧却不认同这一结论，他于4月28日发表自辩“勘电”，称“去宋之动机起于应之自动，而非别有主动之人”，“中央政府于宋案无涉”。[6]袁世凯同日也发出“勘电”，明确给赵秉钧以支持。[7]
两种截然不同的解释，刺激着后来的宋案研究者，以至于绝大多数研究者均把寻找刺宋主谋作为最主要的方向，却一直无法得出令人信服的结论。其中较早一些的著作和那些深受革命史观影响的著者，大多毫无保留地接受国民党方面的研究结论，只不过文字表述略有差异而已。如前述谷钟秀、马震东、邹鲁、陈功甫、魏野畴、孟世杰、李剑农、吴玉章、
