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列人參等。
每種藥物都有一個固定的格式，分為釋名、集解、正誤、修治、氣味、主治、發明、附方等項。
釋名是確定藥物的名稱和別名；集解是敘述藥物的產地和形態；正誤是糾正前人對藥物的錯誤認識；修治是介紹藥物的炮製方法和注意事項；氣味是分析藥物的性質和歸經；主治是說明藥物的功效和適用範圍；發明是記錄作者對藥物的親身體驗或新發現；附方是收集使用該藥物的方劑和驗方。每一項都有詳細的註釋和引證，既有理論依據，又有實踐證據。
《本草綱目》還附有1109幅精美的插圖，對於一些形態複雜或難以描述的藥物，如動物、植物的各個部位，都用圖示來輔助說明，使讀者更容易理解和辨識。這些插圖大多由李時珍的兒子李建元和李建木所繪，雖然不是專業畫家，但也盡力做到形神兼備，真實可信。
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