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藻類熒光素相似，但不是全然相同，磷蝦自己本身並不能生產物質，但它們卻可從含有溝鞭藻類的食物中吸取得到這種物質。磷蝦的發光器官是一個複雜的器官，可以聚焦光線，亦可由肌肉轉動。這種器官精確的運作人類仍未能清楚瞭解；它們很可能有交配的動機，可能是社互動動的方式之一。一些研究員認為磷蝦可能是用熒光來作偽裝的用途，用光線來令它們的影子變得明亮如周圍的環境，令位處其下方的捕獵者更難注意得到它們。大部分的磷蝦均為群行動物，磷蝦群的大小及密度因地區和物種的不同而有所分別。南極磷蝦就曾有過多達每立方米的水有一萬到三萬個個體的族群的記錄。群行是一種防禦的方式，讓捕獵者選出一個族群中的個體，這就能減低自己被捕獵的機會。磷蝦一般都有晝夜垂直遷移的行為。它們在日間會下潛到較深的水底，而在夜間會上浮至近水面的淺水區。在它們下潛到較深的水底時，它們的活動會減少，似乎是為了減少遭到捕獵的機會及儲存更多的能量。一些磷蝦的族群亦會在日間在水面覓食和繁殖，但是這樣做會更危險，因為這令它們很容易受到捕獵者的攻擊。就整體來看，磷蝦類幼體的丰度較成體為高，主要分佈於夜間表層，而成體則主要分佈於五十米以下深度的水層。在水平分佈方面，近海的數量大於沿岸，其中又以臺灣淺灘湧升流附近之海域數量較豐。一個高密度的族群會引起一些捕獵者如魚或鳥等的捕獵，尤其是在水面附近的地方，而在那裡磷蝦是很難可以逃脫的。在受到騷擾時，族群的一些個體會立即蛻皮，遺下外殼，作為一個圈套，分散捕獵者的注意力。磷蝦一般可每秒遊數公分，前進時是用游泳足作推動力。在有危險時，它們會作出逃避反應，稱為蝦類逃避反應，是指輕彈起它們的尾節和尾肢，向後快速移動，大型的磷蝦如南極磷蝦等可達每秒鐘往後移動自己身體的十到二十七倍，即約為零點八米每秒的速度。很多研究員據其游泳的方式把成年磷蝦分類為游泳生物，即可以自行作出運動的個體。磷蝦幼體一般都被當做是浮游動物。磷蝦是食物鏈中一個很重要的元素。南極磷蝦直接進食浮游植物，然後把初級生產能量轉換為較大動物可吸收的形式，這些較大的動物並不會直接進食浮游植物，而會進食磷蝦，從而獲得那些能量。一些像北方磷蝦這樣的磷蝦物種所進食的食物均為較小的生物，它們一般是捕食橈足動物和較大的浮游動物。很多其他動物都是進食磷蝦的，小至魚或企鵝，大至海豹或甚至鬚鯨。在孵化後，它們會經歷不同的階段，有“無節幼蟲”、“後無節幼蟲”、“短眼柄幼蟲
