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与此同时，小刀会起义领袖黄威、黄德美等人还制定了直接进攻台湾的计划，曾与经常在台湾海峡活动的纪猫生相约，要他招集人马和船队，预定在七八月间发动对台湾的袭击。
此刻看来福建小刀会起事形势一片大好，但却没想到一场突如其来的台风打断了这燎原的烽火，给了清军喘息的时机。台风在福建登陆后，厦门暴雨连ri，城内平地处水深丈余，给起义军沉重的打击。黄威、黄德美、何滨、刘丽川等人不得不暂缓攻势，集中力量和大自然抗争。
清福建当地官府为镇压这场突然爆发的小刀会起义，可谓是煞费苦心，闽浙总督王懿德亲自来到泉州坐镇指挥，调兵遣将，筹集粮饷。并奏请朝廷将富有海战经验的李廷钰调回福建作战。又请朝廷将在上海作战的广东水师调回福建应战，并调集广东cháo勇到福建协助围剿厦门起义军。同时，王懿德还召集附近地主豪绅也组织义团武装，共同镇压小刀会起义。
李廷钰领兵刚到宁波，就收到福建小刀会起兵之事，王懿德的公文很快到来，他命李廷钰火速调头南下应援，杭州之围自有两江总督去cāo心。李廷钰乃是福建厦门人，老家便在厦门，听闻老家被叛贼占领，也顾不得和江忠源有约，马上提兵往回赶。
由于王懿德亲自指挥各路清军的反扑，加上一场台风让厦门起义军损失不少，起义军原定的攻势未能发起，导致起义军被迫困守在漳州、石码、海澄、漳浦、安溪、同安等地。清军反扑之后，起义军因物资匮乏，战略空间狭小，同时黄威、黄德美、何滨、刘丽川等人又缺乏统帅之才，屡战屡败，漳州、石码、海澄、漳浦、安溪、同安等地经过惨烈的厮杀后，均一一陷落，起义军渐渐只能困守厦门孤岛。
再加上小刀会内部人员构成复杂，同时派系林立，江氏兄弟的老部下听信清军挑唆，认为便是黄威、黄德美等人发动起事才害死了江氏兄弟，小刀会中各派系矛盾渐渐尖锐起来。
同时连吃败战的起义军士气低落起来，加上物资匮乏，各部纪律松散，破坏军纪、勒索、赌博、掠夺开始不断发生，厦门居民开始对起义军出现不满情绪。
随后厦门水师提督施得高提督清军水师将福建小刀会起义军水师围困在厦门，陆路清军也围住了路上通道，厦门成了一座孤城，消息断绝，此前派出的使者也在半路被清军看破截杀，是以苏州的萧云贵一直没有得到福建的消息。
同时起义领袖在重大问题上发生分歧，何滨、刘丽川等人坚持要突围北上，
