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马的二线部队中抽调一部分，加上各地驻军当中先各抽调一半兵马整训，上海驻军因为离得较近。便是在第一批当中全部进行整训。
第一批整训兵马共计四万余人。上海林启荣部就占了大部分。第一批整训为期三个月。主要是重新编制军队建制、把参谋部、后勤部等人员加入进新编军队中，让将领、士兵们掌握新的战法。
第一批整编的四万余人计划编成一个军，三个师。其中太平军基本的作战单位一个伍将改为班，每班十人，班长、副班长、教导官各一人，其余七名战士。三个班组成一个排，三个排组成一个连。每连连长、连教导官、副连长、副教导官、各排排长、司务长等干部。加上炊事班，人数大约在一百二十人左右。一个营三个连，加上营直属人员，每个营四百余人。一个团三个营，一千三百余人。一个旅三个团，四千余人。一个师三个旅，加上师直属炮团，共计一万四千余人。一个军三个师，四万余人。
西殿太平军的新编制照搬了后世的班排连营团称谓，主要还是因为萧云贵来自后世，受后世的影响很深，所以新建编制的时候直接套用。
在接受重新编制的同时，各新编师还要引入参谋作战部、后勤部、卫生部等保障单位，每个新编师还配属一定数量的骑兵连用于传递消息和侦查。
三个月后，三个新编师将换装采购到的新式火枪和火炮。自从去年开始采购洋人火枪以来，由于西王提出的采购条件非常苛刻，他只采购后装膛线步枪，由于各国眼下的后装膛线步枪都还处于新制和研发当中，或者研发生产出来了都有漏气问题（比如普鲁士的德莱赛步枪），各国大多都还是用前装膛线步枪，甚至很多派上克里米亚战场的法军士兵还在用滑膛枪。因此，迄今为止西殿采购到的后装膛线步枪只有一千余支，而且存在样式多种多样，故障率高等问题。这些枪支萧云贵并没有配装部队，而是全部给了讲武学堂用于训练之用。
虽然采购到的枪械在仓库中的只有这些，但萧云贵并不介意多等几个月，因为在年初的时候密迪乐帮助上海军政司和瑞典的军火商联系上，瑞典的军火商来到上海和王闿运、林启荣谈判之后，签订了一份合同，太平军向瑞典军火商购买卡曼尔莱德1842步枪五万只，每只步枪价格二十银元，并购买相应的配件和弹药，总共花费七十余万两银子。
这种步枪是后装膛线步枪，它的列装时间只比针枪晚一年。到1867年停产为止，卡曼尔莱德的各种改进型有好几十，产量总共才4万多，只有挪威陆
