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504年，喬安娜的母親伊莎貝拉去世後，喬安娜成為卡斯蒂利亞女王。
查理在1503年才再次見到父親，而母親在1504年返回（在西班牙生下斐迪南後）。
西班牙大使古鐵雷·戈麥斯·德·富恩薩利達（Gutierre Gómez de Fuensalida）報告稱，菲利普常常探訪查理，並且他們玩得很開心。
然而，菲利普和喬安娜的婚姻並不幸福，再加上喬安娜不穩定的精神狀態，造成了困難，使孩子們與父母住在一起很不安全。
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菲利普於 1506 年被承認為卡斯蒂利亞國王。
他不久後就去世了，據說這一事件使精神不穩定的喬安娜徹底失常。
她被隔離在托爾德西利亞斯皇宮。
查理的祖父斐迪南二世以保護查理的權利為藉口，控制了所有的西班牙王國，而實際上他想逃避。
斐迪南二世與烏蘇拉·熱爾曼（Germaine of Foix）的再婚未能生出特拉斯塔馬拉（Trastámara）王位繼承人，因此查理仍然是伊比利亞王國的法定繼承人。
在父親去世，母親被囚禁的情況下，查理成為勃艮第公爵，並被公認為阿斯圖里亞斯親王（卡斯蒂利亞的推定繼承人）和尊稱大公（奧地利的明顯繼承人）。
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勃艮第的遺產包括哈布斯堡低地國家，這個地區由多個領地組成，涵蓋了現代的比利時、荷蘭和盧森堡，但不包括勃艮第本土，該地區於1477年被法國吞併，僅弗朗什孔泰（Franche-Comté）除外。
菲利普於1506年去世時，查理被認定為低地國家的領主，稱為勃艮第的查理二世。
在他的童年和青少年時期，查爾斯與他的姐妹瑪麗、埃莉諾和伊莎貝拉一起住在梅赫倫（Mechelen），在姨媽瑪格麗特的宮廷裡。
瑪格麗特是荷蘭眾多女攝政王中的第一位。她曾先後擔任過阿斯圖里亞斯公主（Princess of Asturias）、薩沃伊公爵夫人（Duchess of Savoy）。
威廉·德·克羅伊（後來的首相）和烏得勒支的阿德里安（後來的教皇阿德里安六世）擔任查理的教師。
低地國家的文化和宮廷生活對查理的信仰發展起了重要作用。
作為勃艮第金羊毛騎士團的成員（Order of the Golden Fl
