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理登基時，納瓦爾議會要求他參加加冕儀式（成為納瓦爾的查理四世），但這一要求未得到回應，議會不斷積累不滿。
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儘管西班牙人對帝國風格感到不安，但還是接受了查理為君主。
西班牙的各個王國傳統都不相同。
卡斯蒂利亞已經成為一個專制的、高度集權的王國，君主自己的意志很容易凌駕於立法和司法機構之上。
相比之下，在阿拉貢王室，尤其是在比利牛斯山脈的納瓦拉王國，法律盛行，君主制被視為與人民的契約。
這給查理五世和後來的國王帶來了諸多不便和爭議，因為特定王國的傳統限制了他們的絕對權力。
在查理統治期間，政府變得更加絕對，儘管在他的母親於1555年去世之前，查理並沒有掌握國家的絕對權力。
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很快，對皇帝的抵抗就出現了，為了支援卡斯蒂利亞人對外國戰爭而徵收的重稅，而卡斯蒂利亞人對這些戰爭興趣不大。
查理傾向於選擇弗拉芒人擔任卡斯蒂利亞和美洲的高階職位，而忽視了卡斯蒂利亞的候選人。
抵抗運動以之前提到的公民起義（Revolt of the Comuneros） 達到l了高潮，查理鎮壓了這場起義。
這次起義釋放了喬安娜，並希望廢黜查理，支援喬安娜成為唯一的君主。
雖然喬安娜拒絕廢黜她的兒子，但她的監禁在起義後繼續進行，以防止可能發生的類似事件。
在鎮壓卡斯蒂利亞叛亂後，查理又面臨納瓦爾（Navarre）的問題，亨利二世國王（King Henry II）試圖重新徵服該王國。
主要軍事行動持續到1524年，當時洪達裡比亞（Hondarribia）向查理的軍隊投降，但在1528年前，西比利牛斯山西部的頻繁跨境衝突仍在繼續。
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在這些事件之後，納瓦爾在接下來一個世紀仍然是國內外爭議的焦點（法國對王位的繼承權主張直至1830年七月革命才結束）。
查理希望他的兒子和繼承人菲利普二世與納瓦爾的繼承人讓娜·德·阿爾佈雷特 （Jeanne d'Albret）結婚。
讓娜反而被迫嫁給了朱利希-克萊夫斯-貝格公爵威廉，但那段沒有孩子的婚姻在四年後被取消。
她又嫁給了安託萬·德·波旁 （Antoine de Bourbo
