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在1506年的里斯本大屠殺中，數千名被指控的猶太人遭到殺害。
曼努埃爾對騷亂的領導者進行了處決。
此外，曼努埃爾還下令驅逐葡萄牙的穆斯林，並以施壓於西班牙的費迪南德和伊莎貝拉來結束他們王國對伊斯蘭的寬容而聞名。
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伊莎貝拉在分娩時去世, 這使得葡萄牙在西班牙的統治野心受到了打擊，這一野心自費迪南德一世（Ferdinand I）統治時期（1367-1383）以來就一直存在。
曼努埃爾一世和伊莎貝拉的幼子米格爾·達·帕斯（Miguel da Paz）被封為阿斯圖里亞斯王子（Prince of Asturias）、葡萄牙王子（Prince of Portugal）和赫羅納王子（Prince of Girona），使他成為卡斯蒂利亞、葡萄牙和阿拉貢的法定繼承人，直到他在1500年去世，年僅兩歲，這也終結了天主教雙王和曼努埃爾的野心。
曼努埃爾的下一任妻子是阿拉貢的瑪麗亞（Maria of Aragon），她是第一任妻子的妹妹。
他們的兩個兒子後來成為葡萄牙國王。
瑪麗亞於1517年去世，但這兩姐妹還有另外兩個姐妹存活，她們分別是1479年出生的卡斯蒂利亞的喬安娜（Joanna of Castile），她嫁給了菲利普大公（Archduke Philip，馬克西米連一世的兒子），並生下了查理五世（Charles V），後者最終繼承了西班牙及哈布斯堡的領地。
查理五世章節有詳細記錄。
另一個姐妹是阿拉貢的凱瑟琳（Catherine of Aragon），亨利八世（Henry VIII）的第一任妻子。
在瑪麗亞去世後，曼努埃爾又娶了她的侄女，奧地利的艾倫諾爾（Eleanor of Austria）。
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曼努埃爾一世之死。
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1521年12月，在里斯本爆發黑死病疫情之際，曼努埃爾一世和他的朝廷仍然留在裡貝拉宮（Ribeira Palace）。
12月4日，曼努埃爾開始出現高燒的症狀，到11日時已完全無力。
1521年12月13日，他去世，享年52歲。
