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0年西班牙人佔領該城時重建。
此後，奧斯曼人和法國人對其進行了改建。
貝賈亞的卡斯巴在中世紀的知識傳播中發揮了重要作用，許多科學和文學人物在此逗留，研究各領域的知識。
根據穆罕默德·伊德里西（Muhammad al-Idrisi）的記載，該港口在11世紀是地中海商船與來自撒哈拉沙漠的商隊之間的市場。
基督教商人在貝賈亞建立了“方杜克”（funduqs）或客棧。
義大利城市比薩（Pisa）與貝賈亞關係密切，並在非洲大陸上設立了兩個永久領事館之一。
一位比薩商人的兒子（很可能是領事），後世稱為斐波那契（Fibonacci）（約1170年—約1250年），在此學習了數學（他稱其為“印度方法”）和印度-阿拉伯數字。
他將現代數學引入了中世紀的歐洲。
關於斐波那契的歷史背景及其與貝賈亞的緊密聯絡的數學歷史分析表明，貝賈亞的養蜂人和對蜜蜂家族世系的知識可能是斐波那契數列真正的靈感來源，而非他在著名的《算盤書》（Liber Abaci）中提出的兔子繁殖模型。
1315年，拉蒙·盧爾（Ramon Llull）在貝賈亞被亂石砸死。
拉蒙·盧爾是一位哲學家、神學家、詩人、傳教士、基督教護教士。
幾年前，彼得·阿門戈迪烏斯（Peter Armengaudius）據稱曾在此被絞死，但倖存下來。
貝賈亞在1510年被西班牙佔領，並在當地的多次奪回嘗試下維持了超過40年，直到1555年被奧斯曼帝國收復。
在接近三個世紀的時間裡，貝賈亞都是巴巴里海盜的據點。
1833年，貝賈亞被法國佔領，併成為法屬阿爾及利亞的一部分。
1957 年布吉省被提升為省。
1962年阿爾及利亞獨立，這個城市成為同名省貝賈亞（Béja?a）的首府。
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1510年，布吉淪陷後，阿拉伯部落塔阿里巴（Thaaliba）的薩利姆·圖米（Selim-bin-Teumi）利用阿爾及爾與特萊姆森王國當局之間的矛盾，以及一些阿爾及爾居民對布吉的態度，成為了阿爾及爾的埃米爾。
可是，在1510年1月31日，佩德羅·納瓦羅（Pedro Navarro，前文有說）就來到了阿
