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拿破崙要求大團長費迪南德·馮·霍姆佩施·祖·博爾海姆（Ferdinand von Hompesch zu Bolheim）允許他的艦船進入港口，補給水和物資。
大團長回覆說，每次只能允許兩艘外國船隻進入港口。
拿破崙意識到這一程式將耗費時間，令他的軍隊暴露在英國海軍上將霍雷肖·納爾遜（Admiral Horatio Nelson）面前，於是立即下令對馬耳他發起炮擊。
法國士兵於6月11日早晨在七個登陸點登陸馬耳他並發動攻擊。
經過數小時的激烈戰鬥，西部的馬耳他人被迫投降。
拿破崙與堡壘首都瓦萊塔（Valletta）展開談判。
面對遠遠強於自己的法國軍隊和西馬耳他的失守，大團長同意投降。
霍姆佩施於6月18日離開馬耳他前往的裡雅斯特（Trieste）。
他於1799年7月6日辭去大團長職務。
騎士們雖然分散，但騎士團依然以減弱的形式存在，並與歐洲各國政府談判，尋求在德意志中介化過程中重新獲得權力。
俄羅斯皇帝保羅一世（Paul I）為最多騎士提供了在聖彼得堡（Saint Petersburg）的庇護，這一舉動催生了俄羅斯的騎士醫院傳統，以及騎士團在俄羅斯帝國騎士團中的認可。
在聖彼得堡的難民騎士們選舉保羅沙皇為他們的大團長，這使得他成為霍姆佩施大團長的競爭對手，直到霍姆佩施退位，使保羅成為唯一的大團長。
保羅一世除了天主教大優先區外，還建立了一個“俄羅斯大優先區”，其下有不低於118個指揮部，規模龐大且向所有基督徒開放。
然而，保羅作為大團長的選舉從未在天主教教規下得到確認，他實際上是騎士團的事實上的大團長，而非法理上的。
到19世紀初，騎士團因失去在歐洲的優先區而嚴重削弱。
騎士團收入的僅10%來自傳統的歐洲來源，其餘90%由俄羅斯大優先區生成，直到1810年。
這部分體現在1805年至1879年間，騎士團的治理由副官而非大團長負責，直到教皇利奧十三世（Pope Leo XIII）恢復了大團長職務。
這標誌著騎士團作為人道主義和宗教組織的復興。
1806年9月19日，瑞典政府向騎士團提供了哥特蘭島（G
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