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當然，貴族不可能馬上被消滅，商鞅只能先以新貴代舊貴。具體方案，則是不論血統論軍功。新法頒佈後，所有貴族都必須先從沒有軍功的宗室做起，然後按照軍功的大小重新確定尊卑貴賤，爵位俸祿。沒有軍功的，取消名位，降為民戶中的地主和富人。有軍功的，爵位最高也不過封侯。而且，只要有軍功，哪怕不是宗室，也能封侯，成為新貴。
新貴和舊貴，有什麼不同？
舊貴是領主，新貴是地主。按照周制，大夫對自己的采邑（家）是有治權的，而且這治權諸侯還不能干預。采邑中的臣民，包括家臣和子民，在法理上和道德上都只忠於家君（大夫），不必也不能忠於國君（諸侯）。
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然而按照商鞅設計的新制度（秦制），新貴（侯）對自己的封地卻既無產權，又無治權，只有財權。也就是說，他們只收租稅，不理民事。原先附屬於領主的那些臣民，則重新編組，由地方官管理，變成直屬國君的編戶齊民。
這一改革的直接結果是領主沒有了。領主沒有了，領地自然也沒有了。從此，秦國不再有采邑，只有郡縣。全國設為三十一個縣，置縣令（縣長）和縣丞（副縣長）治理。以後奪取他國之地，也不立封國和采邑。既沒有領地，又沒有領主，也就沒有了真正意義上的貴族。
沒有了貴族，就沒有了需要世襲的爵位。因此，無論卿大夫，還是地方官，所有官員都由國君任命，按能力和績效任職，不再按爵位世襲。有能力有才幹的，即便不是秦國人，也可以進入領導層和決策層。相反，即便是秦國最有來頭的家族，也得靠邊站。
這就是商鞅的政治體制改革，它的內容可以概括為三句話：廢領主制，行地主制；廢封建制，行郡縣制；廢世襲制，行任命制。這樣一種根本性的變革，當然不可能由商鞅一人來完成，也不可能在短時間內完成。然而在這裡，我們卻分明看到了未來帝國的影子。
商鞅變法的歷史意義，正在於此。
變法的實際意義，則是中央集權。這是秦國改革的重中之重。事實上，原先隸屬於領主的臣民直屬中央，人民就是國君的。采邑變成郡縣，土地就是國君的。從卿大夫到地方官都由中央任命，權力就是國君的。土地、人民和權力都集中到國君手裡，豈非霸道？
不過商鞅又霸道得聰明，霸道得智慧，因為他的指揮
