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安頓好吾彥父子後，司馬遹隨即對交州的人事做了一次調整，將原來的交趾太守阮氏南任命為交州長史，此人是個典型的儒生，又是本地人，將他留任可以保證平穩過渡。
司馬乂則被任命為南中都督，統領交州軍事。在此之前，吾彥一人身兼南中都督、交州刺史，司馬遹自領交州刺史後，司馬乂擔任南中都督便是應有之義。
據吾彥所言，交州雖有七郡，但屬於朝廷直接管轄的只有北部的合浦、新興、武平和交趾四郡，南邊的九真、九德和日南三郡都是當地的越族自治，太守都是越族首領，平日裡只要他們不作亂，並按時象徵性的上供，交州不會干涉他們的日常事務。
既如此，司馬遹也不打算干涉南部三郡的人事，只是派人向他們通報自己的到來，然後以劉琨為新興太守，荀奕為武平太守，原來的太守全被降為長史，至於合浦郡，因為距離比較遙遠，司馬遹暫時也不打算干涉，繼續由原來的官員管理。
交州原有的常備兵力不多，交趾有五千人，合浦、新興和武平各有一千人，全都是步兵，再加上司馬遹從荊州帶來的一萬人，司馬遹的總兵力共有一萬八千人。
在司馬遹帶來的一萬人中，本有七千騎兵和三千步兵。但由於長途跋涉，加之連年征戰，一些馬匹已不適合作為戰馬 ，司馬遹便將其中兩千騎兵改為步兵，裁撤下來的馬匹便當做日常乘坐所用。劉琨和荀奕上任時，各自帶走了一千騎兵和一千步兵。
如此一來，交趾郡共有三千騎兵和八千步兵，騎兵由司馬乂親自統領，司馬乂將其分為三隊，上官巳、孟安和田衝各領一千，步兵全部交由吾諮統一訓練，郭默兼任他的司馬。
劉琨抵達新興郡的麋泠後，以令狐盛為司馬，統領麾下的一千騎兵和兩千步兵；荀奕抵達武平郡的武定後，以嶽剛為司馬，統領麾下的一千騎兵和兩千步兵。
麋泠和武定雖然分屬兩郡，實際上相距只有二十里，距離龍編也只有八十里，互相之間形成完美的支撐，有什麼事情當天就可以往返，十分便捷。
至於跟隨司馬遹一起南遷的一萬百姓，司馬遹將他們全都安置在交趾郡。因為四郡中以交趾的土地最為肥沃，超過一半都是平原。恰逢晚稻種植季節，為了保證今冬的糧食不至於出現短缺，司馬遹親自參與播種，不讓一塊田出現荒廢的情況。
交州北部四郡共有人口三十萬，其中交趾就有超過十萬，其他三郡加起來不到二十萬。當然，這所謂的三十萬人，只包括漢人，散居山地的越族
