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還沒有定論，主要有以下幾種假說：
星雲假說
與單恆星的形成類似，南門三系統起源於一個巨大的分子星雲。星雲中的物質在自身引力作用下開始坍縮，隨著坍縮的進行，物質逐漸聚集並形成密度較高的區域，這些區域最終可能演化成恆星。在這個過程中，如果星雲內部的物質分佈不均勻，或者受到外部因素的干擾，就可能導致在不同位置同時形成多個原恆星核，其中三個原恆星核恰好形成了一個相對穩定的引力束縛系統，最終演化成南門三這樣的三合星系統。
多體相互作用假說
最初可能有多個恆星或恆星胚胎在相對較小的空間區域內形成，它們之間透過引力相互作用不斷地交換位置和動量。在這個複雜的過程中，一些恆星可能會因為相互之間的近距離相遇或碰撞而合併，而另一些恆星則可能會被彈出系統。南門三的三顆恆星可能是在經歷了多次這樣的相互作用後，最終形成了現在相對穩定的三合星結構，其中比鄰星可能是在較晚的時期被南門二A和B組成的雙星系統捕獲而來。
恆星碰撞與合併假說
在星系的演化過程中，恆星之間的碰撞和合並是比較常見的現象。南門三系統可能是由兩顆恆星先形成了一個雙星系統，然後在某個時刻，一顆獨立的恆星與這個雙星系統發生了碰撞或近距離接觸。在碰撞過程中，物質可能會在三者之間重新分配，並且透過引力的作用，三顆恆星逐漸調整它們的軌道和運動狀態，最終形成了一個穩定的三合星系統。
潮汐俘獲假說
南門二A和B形成雙星系統後，在其運動過程中，偶然接近了一顆孤立的比鄰星。在近距離相遇時，雙星系統和比鄰星之間產生了強烈的潮汐作用，這種潮汐力使得比鄰星的運動軌跡發生改變，並逐漸被雙星系統所捕獲，最終形成了南門三三合星系統。不過，這種假說需要非常特殊的初始條件和精確的相遇過程，機率相對較低。
南門三三合星系統中，潮汐作用對系統中天體的軌道和演化有著多方面的影響：
南門二A和B之間的潮汐作用
- 軌道影響：由於南門二A和B距離較近，互相繞轉，它們之間的潮汐作用會使彼此的形狀發生輕微變形，形成潮汐隆起。這種潮汐隆起會產生額外的引力作用，導致兩顆恆星的軌道逐漸發生變化，軌道偏心率可能會減小，使軌道更加接近圓形，並且兩顆恆星的距離也可能會逐漸穩定在一個特定的範圍內。
- 演化影響：潮汐作用會引
