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與此同時，小刀會起義領袖黃威、黃德美等人還制定了直接進攻臺灣的計劃，曾與經常在臺灣海峽活動的紀貓生相約，要他招集人馬和船隊，預定在七八月間發動對臺灣的襲擊。
此刻看來福建小刀會起事形勢一片大好，但卻沒想到一場突如其來的颱風打斷了這燎原的烽火，給了清軍喘息的時機。颱風在福建登陸後，廈門暴雨連ri，城內平地處水深丈餘，給起義軍沉重的打擊。黃威、黃德美、何濱、劉麗川等人不得不暫緩攻勢，集中力量和大自然抗爭。
清福建當地官府為鎮壓這場突然爆發的小刀會起義，可謂是煞費苦心，閩浙總督王懿德親自來到泉州坐鎮指揮，調兵遣將，籌集糧餉。並奏請朝廷將富有海戰經驗的李廷鈺調回福建作戰。又請朝廷將在上海作戰的廣東水師調回福建應戰，並調集廣東cháo勇到福建協助圍剿廈門起義軍。同時，王懿德還召集附近地主豪紳也組織義團武裝，共同鎮壓小刀會起義。
李廷鈺領兵剛到寧波，就收到福建小刀會起兵之事，王懿德的公文很快到來，他命李廷鈺火速調頭南下應援，杭州之圍自有兩江總督去cāo心。李廷鈺乃是福建廈門人，老家便在廈門，聽聞老家被叛賊佔領，也顧不得和江忠源有約，馬上提兵往回趕。
由於王懿德親自指揮各路清軍的反撲，加上一場颱風讓廈門起義軍損失不少，起義軍原定的攻勢未能發起，導致起義軍被迫困守在漳州、石碼、海澄、漳浦、安溪、同安等地。清軍反撲之後，起義軍因物資匱乏，戰略空間狹小，同時黃威、黃德美、何濱、劉麗川等人又缺乏統帥之才，屢戰屢敗，漳州、石碼、海澄、漳浦、安溪、同安等地經過慘烈的廝殺後，均一一陷落，起義軍漸漸只能困守廈門孤島。
再加上小刀會內部人員構成複雜，同時派系林立，江氏兄弟的老部下聽信清軍挑唆，認為便是黃威、黃德美等人發動起事才害死了江氏兄弟，小刀會中各派系矛盾漸漸尖銳起來。
同時連吃敗戰的起義軍士氣低落起來，加上物資匱乏，各部紀律鬆散，破壞軍紀、勒索、賭博、掠奪開始不斷髮生，廈門居民開始對起義軍出現不滿情緒。
隨後廈門水師提督施得高提督清軍水師將福建小刀會起義軍水師圍困在廈門，陸路清軍也圍住了路上通道，廈門成了一座孤城，訊息斷絕，此前派出的使者也在半路被清軍看破截殺，是以蘇州的蕭雲貴一直沒有得到福建的訊息。
同時起義領袖在重大問題上發生分歧，何濱、劉麗川等人堅持要突圍北上，
