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天京特派的高階官員，以“持印主理民務”的名義主持城市事務。如安徽繁昌縣，主官理應是繁昌縣監軍，但實際負責人卻是當地駐軍將領、殿右八指揮楊某。刑事、治安等行政許可權大多掌握在這些軍官、特派員手裡，守土官所能切實管轄的，除了不屬於城市行政範疇的鄉官事務。就只剩下戶口、賦稅、徵發、清潔衛生和商業管理等次要事務，且這些事務也往往受到軍官、特派員等的干涉。
之前戰事頻發，太平天國這樣委任一方將領提督軍政大事是有一定好處的，滿足了戰爭期間調動人力物力的需求。但這樣長此下去，對建設地方是沒有好處的。因此從鎮江、金壇、無錫等地攻下後開始，蕭雲貴便任命一名將領管軍隊，一名官員管政事。眼下無錫守將是譚紹光，無錫守土官是王闓運，李壽蓉在王闓運手下負責錢糧之事。上海攻下後，此處甚為要緊，蕭雲貴便打算在上海成立太平天國上海軍政司，由穩重的林啟榮和jg乾的王闓運兩人共同鎮守、治理上海。
林啟榮到來之後，蕭雲貴帶著他在營中巡視，邊走邊和他說了很多話，蕭雲貴交待林啟榮鎮守上海期間要注重幾個方面的問題。
一是兵卒要cāo練新式洋槍洋炮，儘可能的演練jg熟，掌握純火器作戰的方法。當然為了保證上海兵卒的火器，蕭雲貴答應採購到的火器優先配給林啟榮部。
二是蕭雲貴將在上海創辦西殿太平軍官講武學堂，蕭雲貴將聘請中外名師、名士做為講師，向西殿太平軍各級軍官講授軍事。蕭雲貴要求林啟榮在上海講武學堂開辦之後，除了讓太平軍自己的軍官學習之外，還要多多吸納有志青年入學，蕭雲貴希望這個講武學堂成為西殿太平軍自己的黃埔軍校。
三是讓林啟榮大力建設水師，上海靠近長江和大海，必須有自己的水師來保衛海域、河道，同時海關成立後，也需要強大的水師打擊海上走私和海盜活動，因此建立西殿太平上海艦隊的事便落到林啟榮身上。當然蕭雲貴建議林啟榮重用陸順德、趙順平等水師將領，並且儘可能的同洋人採購新式戰船。
四是地方幫派勢力的控制，蕭雲貴聽從錢江的計策，已經封賞沐關刀、謝應龍等上海反水的幫派首腦，幾個人被封為將軍、總制不等的官職，調到蘇州為官，蕭雲貴也給左宗棠去了信函，要他盯緊這幾個人，同時安排一些無關緊要的事讓他們做。幾個幫會的部眾則被蕭雲貴以整軍為名，徹底打散後，一部分充入陳玉成部，一部分交給林啟榮部，還有一部分有些特長的幫眾直接交給了白澤堂去訓練，將來可以充
