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馬的二線部隊中抽調一部分，加上各地駐軍當中先各抽調一半兵馬整訓，上海駐軍因為離得較近。便是在第一批當中全部進行整訓。
第一批整訓兵馬共計四萬餘人。上海林啟榮部就佔了大部分。第一批整訓為期三個月。主要是重新編制軍隊建制、把參謀部、後勤部等人員加入進新編軍隊中，讓將領、士兵們掌握新的戰法。
第一批整編的四萬餘人計劃編成一個軍，三個師。其中太平軍基本的作戰單位一個伍將改為班，每班十人，班長、副班長、教導官各一人，其餘七名戰士。三個班組成一個排，三個排組成一個連。每連連長、連教導官、副連長、副教導官、各排排長、司務長等幹部。加上炊事班，人數大約在一百二十人左右。一個營三個連，加上營直屬人員，每個營四百餘人。一個團三個營，一千三百餘人。一個旅三個團，四千餘人。一個師三個旅，加上師直屬炮團，共計一萬四千餘人。一個軍三個師，四萬餘人。
西殿太平軍的新編制照搬了後世的班排連營團稱謂，主要還是因為蕭雲貴來自後世，受後世的影響很深，所以新建編制的時候直接套用。
在接受重新編制的同時，各新編師還要引入參謀作戰部、後勤部、衛生部等保障單位，每個新編師還配屬一定數量的騎兵連用於傳遞訊息和偵查。
三個月後，三個新編師將換裝採購到的新式火槍和火炮。自從去年開始採購洋人火槍以來，由於西王提出的採購條件非常苛刻，他只採購後裝膛線步槍，由於各國眼下的後裝膛線步槍都還處於新制和研發當中，或者研發生產出來了都有漏氣問題（比如普魯士的德萊賽步槍），各國大多都還是用前裝膛線步槍，甚至很多派上克里米亞戰場的法軍士兵還在用滑膛槍。因此，迄今為止西殿採購到的後裝膛線步槍只有一千餘支，而且存在樣式多種多樣，故障率高等問題。這些槍支蕭雲貴並沒有配裝部隊，而是全部給了講武學堂用於訓練之用。
雖然採購到的槍械在倉庫中的只有這些，但蕭雲貴並不介意多等幾個月，因為在年初的時候密迪樂幫助上海軍政司和瑞典的軍火商聯絡上，瑞典的軍火商來到上海和王闓運、林啟榮談判之後，簽訂了一份合同，太平軍向瑞典軍火商購買卡曼爾萊德1842步槍五萬只，每隻步槍價格二十銀元，併購買相應的配件和彈藥，總共花費七十餘萬兩銀子。
這種步槍是後裝膛線步槍，它的列裝時間只比針槍晚一年。到1867年停產為止，卡曼爾萊德的各種改進型有好幾十，產量總共才4萬多，只有挪威陸
