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當天下午第一批駐守上海的林啟榮部太平軍便開到了講武學堂外紮營，其餘地方抽調的整編部隊也都在未來三天內陸續到達。
隨後便開始了為期三個月的整訓和重新編組。新編第一師仍由林啟榮指揮，新編第二師則由周立春指揮。潘啟亮、陳阿林、黃威、黃德美等小刀會、青浦義軍將領則充任新編師的旅長、團長等職位。林啟榮部下太平軍將領如陳知命、李天熙等也出任新編師的旅長、團長等職。
整編章程還附粘了整編後軍隊的新稱謂和新軍銜制，和後世一樣。普通士兵分為列兵、一等至三等兵四個軍銜，士官分為上中下三級，尉官分為上中少三級，校官也分為上中少三級，將領分為準將、上中少三級，最上面是大元帥。
蕭雲貴當仁不讓的自加了一個西殿大元帥的名號，加個大元帥的名號不算什麼。他那長得不能再長的封號裡經過天京方面的文飾和加上的大元帥頭銜已經變成：傳救世主天兄基督太子聖旨聖神上帝之雨電右弼又正軍師西殿大元帥頂天扶朝綱西王蕭朝貴。
其餘將士們也沒有太過在意這個軍銜，蕭雲貴也沒有廢除天京方面還在用的檢點、監軍等名稱，雖然在西殿官吏中，天國這些舊時的官爵早已經被蕭雲貴變成了虛銜，但蕭雲貴還是沒有廢除它，畢竟西殿的官還是要向天京報備的，沒有這些虛銜還是很麻煩，而且天京那邊也不明白一個少校是多大的官啊。
與天國舊時虛銜官爵不同，西殿這套軍銜卻是實打實的好處，按照不同的軍銜，你享受到的待遇也是不一樣的。天京那邊因為開始擴張、擴兵的緣故，天王、東王等王爺們為了籠絡人心，那官爵也是大加派送，如今在天京可謂是檢點滿地是，監軍不如狗。聯想到後期天國一口氣居然封了兩千七百多個王爺，那就更加可怕了。
所以蕭雲貴在沒有廢除天國舊官爵的前提下，把新軍銜當成實銜來封賞給將士們，並根據新軍銜來定將士們的軍功和待遇。如今是戰亂年代，戰功漲得很快，這也就意味著軍人升職的機會很多。從前西殿也出現過尷尬的事，就是將士們的戰功很大，個個升職都很快，而天國舊爵從低等的聖兵開始到可以領數百兵的旅帥不過四個級別，也就意味著打幾個大勝仗下來，一大批將士升職之後，一支兵馬中將官很多，而兵卒很少。也曾經出現一旅之內士兵只有不足百人，兩司馬以上的將官卻有三百多人。
這種局面會讓將士們覺得這官爵來得容易，久而久之便不太珍惜了。而新的軍銜制就不同了，光士兵的等級就有四個級
