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火巖隊和水艦隊，豐緣地區兩個最大的邪惡集團，都想透過固拉多或蓋歐卡與這顆擁有無限力量的星球取得接觸，一個想要擴張陸地，另一個則想讓海洋傾覆世界。
多年的努力，以及背後某些不為人知的勢力協助，火巖隊得到了能控制固拉多的藍色寶珠並在水之窟找到了蓋歐卡，而水艦隊則獲得了能控制蓋歐卡的紅色寶石並在火之窟捕捉了沉睡的固拉多。他們定下協議，在在無邊大海上的某一座叫做夢斯島的小孤島上進行交易。
然而，火巖隊途中抓住了正搭船前往綠嶺市的小智一行人，出現意外小智的皮卡丘竟然融合了能夠控制固拉多的藍色寶石。而他們捕獲的蓋歐卡也因水艦隊的首席作戰隊長泉的潛入後被釋放入海。
而此時大海之上，水艦隊的潛水艦隊出現，他們的老大水梧桐趁機利用紅色寶石控制了逃入大海的蓋歐卡。
水艦隊至此佔據了絕對的上風，覺醒的蓋歐卡受水梧桐的控制，不斷對火巖隊發起攻擊，而整個天空，也開始烏雲密佈，風起雲湧，伴隨著電閃雷鳴，驚濤駭浪，傾盆大雨驟然而至！
……
一道雷霆閃耀，在震天的雷鳴聲中，阿玄乘著碧落，在海上飛行。此時的海面上洋流錯亂，海浪咆哮，頓時冒出無數接連天地的巨大水龍捲，黑雲翻滾，大雨傾盆，宛如末世。
阿玄抹掉臉上的雨水，他已經遙遙看到了遠處的一座海島邊，不時從海中躍出一個巨大的藍色之影蓋歐卡！
“咦，海面上這是……”阿玄突然發現離自己不遠一道紅色的長軀在驚濤駭浪中竟能平穩前行，其上還載著幾個人。靠近一看，這不是小剛、小遙和小勝麼，而載著他們的，竟是一隻紅色的巨大暴鯉龍。
“是阿玄和他的暴蠑螈！”小勝很快看到了阿玄，不由得驚呼。
碧落一直飛到他們身旁幾米處，這才喊道：“小剛小遙小勝，你們怎麼在這裡，小智呢？還有，這是誰的暴鯉龍？”阿玄可是感受到自己接近的時候那隻閃光暴鯉龍瞬間流露出來的強大氣勢，只是知道自己不是敵人後便沒有再理會，那兇惡的眼睛看了看碧落後便繼續向前游去。
“我們在去綠嶺市的途中被火巖隊的人抓住了，後來紛亂中不得不跳入大海，是這隻暴鯉龍救了我們。可是小智，他好像還沒有逃脫。”小勝說道。
“紅色的暴鯉龍，應該是渡先生的精靈。”緊接著小剛喊道，據他說他和小智在城都地區旅行的時候見到渡收復這隻暴鯉龍的過程。
阿
