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再現，所以神授予了一部分動物神秘的力量，那些動物開始變異，這才有了寵物小精靈。神還造出了擁有強大力量的小精靈，它們擁有人一般的智慧，這就是神獸，當時的人們稱它們為神的使者。小精靈和神獸都是為了保護森林、動物和海洋，還有監督人類用的，做完這一切後神就消失了，又陷入了沉睡中……
人類獲救了，但是他們的危機並沒有解除。因為瘟疫發生了變異，使得人類的體制比之以前強了很多，但同時強大的體制意味著生育率的下降。而且以前的人類中女性的地位是十分低下的，只比寵物高一點。但是戰爭使得男女比例得到了平衡，而且所以的女性都聯合了起來，拒絕男人。不過這時他們心中的黑暗面已經消失了，其中一對男女產生了傳說中的愛情。最後經過協商後男性不得強迫女性（就是強X），只能雙方自願，否則將受到全人類的追殺，而且拋棄妻子的男性也會受到嚴重的懲罰。這就是沒人敢犯強X罪的由來，不過後一條貌似隨著時間消弭在了歷史中。
之後的人類與動物和小精靈們和諧相處著，經過一代代的傳遞人們的性格也越來越善良、單純。科技也慢慢發展起來了，不過人們都只是在空地上建築，並沒有破壞森林，而且科技的方向也改變了不少，因為有了小精靈所以幾乎無汙染，也只是使生活更方便，並沒有往武器那邊開發。漸漸地人和小精靈的關係越來越好，神獸中的首領聖靈**給了人類小精靈球的製作方法，好讓人類可以更好地和小精靈生活。並且挑選其中最善良，心地最純淨的人組成了聯盟，在大陸的幾個地方開辦了神奇寶貝聯盟大賽，透過比賽、訓練等等加強神奇寶貝和人類感情。這幾個比賽都是莊嚴的比賽，任何在比賽上作弊的人都將都到最嚴厲的懲罰。而這個時代也是神奇寶貝和人類最和諧的時代，強大的小精靈和訓練家比比皆是……
後來在漫長的歷史中大陸分裂了開來，形成了現在的幾塊大陸。而隨著時間的推移，部分人心中沉睡的惡魔開始覺醒，他們虐待神奇寶貝，把神奇寶貝當成奴隸。接著越來越多的人被影響，雖然他們不像那些人一樣把神奇寶貝當成奴隸但也不像原來一樣當做朋友、親人。更多地當成了工具，自己成名的工具。但是神奇寶貝在漫長的歷史中已經習慣了聽人類的話，即使人類變得不喜愛他們也沒有背叛主人的意思。當然，還是有很多人沒有變的，他們仍舊喜愛小精靈，把它們當親人、朋友，再加上聯盟有著神獸的支援，任何心地不純的人都進不了聯盟，在聯盟的管理下雖然關係不如以前，但小精靈和人類還是相
