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中有一些覺醒者和思想者，意識到外星人試圖控制地球人的思想來控制地球人，於是他們組成了反抗外星人的抵抗組織。
他們在暗地裡傳播他們的警惕外星人思想，試圖和外星人統治地球的陰謀對抗。
玩家可以選擇抵抗組織成員的角色、不明所以的普通民眾的角色，被外星人洗腦之後變成的行屍走肉角色，地球人的叛徒角色，也可以選擇外星人的角色，玩家透過各種方法手段彼此之間進行陰謀對抗，推動情節的發展，生成更多遊戲主線之外的分支情節。
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進入《陰謀對抗》的遊戲地界，小可和黑羽選擇的角色是地球抵抗組織成員的角色。
他們正走在一片沼澤之中，雙腿沾滿了泥漿，走起路來格外沉重。
他們走出沼澤地，看到的是看到的是一片是赤紅色的天空，濃豔如血。
遊戲設定的情節中，外星人用電磁脈衝破壞了地球抵抗者組織的無線通訊裝置。他們所有人現在都處於孤立無援的狀態，還有一些抵抗組織的成員最終沒能從沼澤地裡爬出來，被沼澤吞噬掉了。
小可和黑羽將幾個已經精疲力竭的抵抗組織的成員從沼澤地拽出來，將他們擱置在淺灘之上。
看上去這些人此刻已經完全走不動了，他們像翻起了白肚皮的死魚一般背部緊貼在泥濘的淺灘上，嘴裡喘著粗氣，無法掩藏他們已經奄奄一息的現實。
一條河流從他們身邊穿行而過，發出嗚咽之聲。水面色彩渾濁，漂浮著綠色粘稠的汙染物。沒有乾淨的水源，周圍如此潮溼，蚊蠅四處飛舞，支撐不了多久的。
裡面根據遊戲的線索任務，他們必須在天黑之前尋找到避難所，然後研究下一步的對抗策略。
“如果能找到一輛卡車或一艘船就好了。”黑羽英俊的臉上粘上了泥漿，他望著那些苟延殘喘的遊戲中的所謂“戰友”，憂慮的抬頭看了一眼逐漸變暗的天空，“很快黑暗就會把一切吞噬。”
淺灘上正在休息的那位外星人抵抗組織的成員瘦骨嶙峋，濃密的鬍子遮住了他的半張臉，他掙扎著從地上爬起來，氣若游絲道：“向東，離這裡不遠有個補給站，那裡也許可以發出求助訊號，或者有卡車。我在地圖上看到的。”
他胸前衣襟上是血汙和泥漿的混合體，黑羽幫他扶起來，支撐著他的上半身，他揭開衣服，胸口中了外星人射線槍的部分已經潰瘍，流出粘液，看起來非常恐怖。
“外星
