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2日，司法部復開會議，認為“國家法律視人民一律平等，故自司法地位觀察此案，仍屬於刑事範圍，當然歸上海地方廳刑廳訊問，不便另組法庭；若必另組，即為破害共和法制之見端，司法部為守法起見，決不贊成另組”。[166]司法總長許世英堅持“司法言法，違法之事決不肯為”，呈文大總統，請准予辭職，以免“尸位素餐之誚”。[167]各省司法界也“多致電司法部，一體反對，請該部堅持到底，以重法權”，認為“宋遯初雖系民國偉人，按照刑律仍不過一平民而已，不能越出普通刑事範圍以外，無組織特別法庭之必要”。[168]
但面對反對聲音，國民黨內鮮有人思考設立特別法庭之舉究竟是否為合法、理性之舉。相反，宋案證據公佈後，黃興又與程德全商量，“以由普通法庭審理趙秉鈞，必不能到案；即到案，未必能定讞”，因此，由程德全於4月27日晚致電總統府秘書長梁士詒，表示：“此案主張組織特別法庭審理者，因國務員亦處於嫌疑地位故。”[169]同時，黃興致電袁世凱，一方面說明何以必須組織特別法庭，另一方面對許世英的反對錶示不滿，要求袁世凱不要受其阻撓。電雲：
夫尊重法律，興豈有異辭。惟宋案胡乃必外於普通法庭，別求公判，其中大有不得已之苦衷，不可不辨。蓋吾國司法雖言獨立，北京之法院能否力脫政府之藩，主持公道，國中稍有常識者必且疑之。況此案詞連政府，據昨日程督、應省長報告證據之電文，國務院總理趙秉鈞且為暗殺主謀之犯。法院既在政府藩籬之下，此案果上訴至於該院，能否望其加罪，暢所於撓〔政府無所相撓〕，此更為一大疑問。司法總長職在司法，當仁不讓，亦自可風。惟司法總長側身國務院中，其總理至為案中要犯，於此抗顏弄法，似可不必。興本不欲言，今為人道計，為大局計，萬不敢默爾而息。宋案務請大總統獨特英斷，毋為所撓，以符“勘電”維大局而定人心之言。[170]
當袁世凱復電，提醒“許總長迭拒副署，若聽其辭職，恐法官全體橫起風潮，立憲國司法獨立之原則未便過於摧抑”時，[171]黃興又強硬駁復，表示“興爭特別法庭，實見北京法庭陷入行政盤渦之中，正當裁判無由而得，不獲已而有此主張。此於司法獨立，實予以精神上之維持，以雲摧抑，興所不受”。[172]
由此可見，國民黨主張組織特別法庭，根本原因在於對現有司法制度缺乏信任，對現有司法機關能否真正獨立、公正審理宋案表示懷疑。應該說，黃興等人的擔心並非毫無道
